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As águas residuais provenientes da lavagem de equipamentos, roupas e pessoal que tenham entrado em contato com agroquÃmicos exigem um sistema de tratamento separado, pois seu descarte em estações de tratamento de águas residuais domésticas ou de café pode ser tóxico para os organismos responsáveis pelo processo de descontaminação, quando são utilizados sistemas biológicos, como sistemas sépticos (para águas residuais domésticas) e biodigestores e Sistemas Modulares de Tratamento Anaeróbico - SMTA (para águas residuais do café).