Comparative study of the rhizosphere microbiome of Coffea arabica grown in different countries reveals a small set of prevalent and keystone taxa Comparative study of the rhizosphere microbiome of Coffea arabica grown in different countries reveals a small set of prevalent and keystone taxa

El café (Coffea arabica) es un cultivo de importancia mundial y su producción requiere el uso de agroquímicos y pesticidas. Recientemente, los microorganismos asociados a las plantas han surgido como un recurso aún no explotado para mejorar el rendimiento y la sostenibilidad de los cultivos. En particular, el microbioma de la rizosfera ha sido identificado como un punto clave para la salud vegetal, ya que proporciona tolerancia a estreses bióticos y abióticos, además de regular rasgos fenológicos. Sin embargo, su composición varía ampliamente entre cultivos y condiciones ambientales. Por ello, el conocimiento de los taxones del “núcleo común”, que constituyen un subconjunto del microbioma persistentemente asociado a una especie hospedera a través de diferentes gradientes y condiciones ambientales, representa un objetivo valioso para el desarrollo de estrategias de manejo basadas en el microbioma. Este estudio tuvo como objetivo caracterizar y determinar los grupos microbianos habitantes de la rizosfera (núcleo común y taxones más prevalentes) asociados a plantas de Coffea arabica en diferentes ubicaciones geográficas. Para evaluar la estructura del microbioma de la rizosfera del café, realizamos un análisis de amplicones del ARNr 16S de muestras recolectadas en seis localidades distribuidas en cuatro países y cultivadas bajo diferentes condiciones climáticas, tipos de suelo, manejo agroecosistémico, etapas vegetativas y edades de las plantas. Nuestros hallazgos permitieron delimitar e identificar un conjunto robusto de seis taxones bacterianos, a saber: Sphingobium, grupo Rhizobium, Acidibacter, Sphingomonas, grupo Burkholderia y Amycolatopsis, los cuales probablemente desempeñan un papel importante en el crecimiento y la salud de las plantas de café. Mediante análisis de redes, observamos que algunos de los seis taxones del “núcleo común” estaban altamente interconectados con la comunidad residente, siendo además taxones clave del microbioma de la rizosfera del café. Asimismo, realizamos un aislamiento dirigido de alto rendimiento que dio como resultado 162 cepas bacterianas de la rizosfera, algunas de ellas relacionadas con los taxones más prevalentes. Estos aislamientos representan una colección de cultivos bacterianos de trabajo que podrá utilizarse en el futuro para el desarrollo de soluciones basadas en el microbioma para una caficultura más sostenible.

Citación APA 7ed: