Genome-wide analysis of transposable elements in the coffee berry borer Hypothenemus hampei (Coleoptera: Curculionidae): description of novel families Genome-wide analysis of transposable elements in the coffee berry borer Hypothenemus hampei (Coleoptera: Curculionidae): description of novel families

La broca del café (CBB), Hypothenemus hampei, es la plaga más limitante de la producción de café en todo el mundo. Aunque recientemente se secuenció el genoma de la CBB, no se había proporcionado información sobre la presencia y las características de los elementos transponibles (TEs). Mediante estrategias sistemáticas de búsqueda basadas tanto en enfoques de novo como en métodos basados en homología, presentamos una biblioteca de TEs del genoma borrador de la CBB secuenciado por la Federación Nacional de Cafeteros de Colombia. Esta biblioteca consta de 880 secuencias, clasificadas en 66 % de Clase I (retrotransposones LTR: 46 % y retrotransposones no LTR: 20 %) y 34 % de Clase II (transposones de ADN: 8 %, Helitrones: 16 % y MITEs: 10 %). Se identificaron familias pertenecientes a los principales clados de elementos LTR (Gypsy, Bel-Pao y Copia), de elementos no LTR (CR1, Daphne, I/Nimb, Jockey, Kiri, R1, R2 y R4) y de superfamilias de transposones de ADN (Tc1-mariner, hAT, Merlin, P, PIF-Harbinger, PiggyBac y Helitron). Proponemos la existencia de nuevas familias: Hypo, perteneciente a la superfamilia LTR Gypsy; Hamp, perteneciente a los elementos no LTR; y rosa, perteneciente a los elementos de Clase II o transposones de ADN. Aunque el clado rosa ya había sido descrito anteriormente, se consideraba una subfamilia basal de la familia mariner. Sin embargo, con base en nuestro análisis filogenético, que incluyó elementos Tc1, mariner, pogo, rosa y Lsra de otros insectos, proponemos que los elementos rosa y Lsra constituyen subfamilias de una familia independiente de elementos de Clase II denominada rosa. Las anotaciones obtenidas indican que un porcentaje relativamente bajo del genoma ensamblado de la CBB (aproximadamente 8,2 %) está compuesto por elementos transponibles. Aunque estos TEs presentan una alta diversidad, la mayoría de las secuencias están degeneradas, con pocas copias completas de retrotransposones LTR y transposones de ADN. En contraste, se encontraron varias copias completas y potencialmente activas de elementos no LTR. Los MITEs constituyen aproximadamente el 50 % del contenido total de TEs, con una alta proporción asociada a transposones de ADN de la superfamilia Tc1-mariner.

Citación APA 7ed: