Uncovering the hidden yeast diversity in fermented coffee: Insights from a shotgun metagenomic approach Uncovering the hidden yeast diversity in fermented coffee: Insights from a shotgun metagenomic approach

Las levaduras desempeñan un papel fundamental en la fermentación del café, modelando la sucesión microbiana y contribuyendo al desarrollo de los perfiles finales de sabor. A pesar de su importancia, la taxonomía de las levaduras en este contexto sigue estando poco resuelta. Los métodos tradicionales de clasificación suelen generar identificaciones erróneas debido a la limitada resolución de las técnicas microbiológicas clásicas y al marco taxonómico en rápida evolución impulsado por los avances en la filogenómica. Además, la diversidad de levaduras gemantes en las fermentaciones de café permanece poco explorada mediante enfoques de alta resolución como la metagenómica. Para abordar esta brecha, aplicamos una estrategia metagenómica shotgun y reconstruimos genomas ensamblados a partir de metagenomas (MAGs) de múltiples muestras de fermentación de café, utilizando un marco filogenómico robusto basado en 832 genes conservados de copia única. Clasificamos con confianza 22 MAGs de levaduras dentro del subfilo Saccharomycotina. Estos incluyeron taxones bien conocidos como Pichia kluyveri, Hanseniaspora spp., Torulaspora delbrueckii y miembros del clado Kurtzmaniella. La mayoría de los MAGs se ubicaron en grupos monofiléticos con fuerte soporte (bootstrap ultrarrápido = 100), con longitudes de rama cortas dentro de cada clado, lo que indica variación intraespecífica. Pichia kluyveri emergió como la especie más abundante y ampliamente distribuida, detectada en todos los metagenomas analizados, seguida por Hanseniaspora spp. Nuestros resultados resaltan el potencial de la filogenómica de alta resolución para clasificar MAGs de levaduras y ponen de relieve la importancia ecológica de Pichia, Hanseniaspora, Torulaspora y Kurtzmaniella en las fermentaciones espontáneas del café.